Твин-Сити управлялся из Центрального Офиса в центре города. Это здание отличается от Центрального Офиса Мейнфрейма отсутствием субсферы, и оно несколько меньше. Оба города не могут существовать без своих Центральных Офисов. Неизвестно, являлся ли профессор Матрикс администратором Твин-Сити, был ли кто-то другой на этом посту, или обоими городами руководил Фонг.
В назначенное время профессор Матрикс начал эксперимент по поиску других систем. Дот и Энзо опоздали на него, и это спасло им жизни. В то же время в Суперкомпьютере страж Диксон Грин и курсант Боб готовили к удалению примитивный вирус Килобайт (Killabyte). Боб отличался либеральными взглядами на вирусы и в ходе процедуры мешал Диксон своими речами в защиту вируса. Пока длилась заминка, Килобайт неожиданно получил обновление от своего Юзера-создателя и, перескочив через поколение, стал супервирусом Гигабайтом. Прежде чем полностью обновиться, он оглушил Боба и убил Диксон Грин, за счет её энергии и завершив обновление. Поскольку Гигабайт являлся огромным источником энергии, пинги из Твин-Сити, ориентированные на эту энергию, зафиксировали его и открыли портал прямо за спиной супервируса, перебросив его в Твин-Сити. Однако, учитывая энергопоглощающую структуру Гигабайта и его деструктивные функции, он разрушил Ворота и самого себя. Ворота взорвались, повредив Ядро, что, в свою очередь, привело ко второму, катастрофическому взрыву, который уничтожил город и разделил Гигабайта на Мегабайта и Гексадесимал. Вирус оказался разделён не только физически, но и функционально: Гексадесимал получила огромную энергию и возможности, а Мегабайт - силу, хитрость и расчётливость предшественника. Гексадесимал предпочла остаться в руинах Твин-Сити, а Мегабайт успешно заразил промышленный сектор Джетти-Прайм с целью закрепиться в городе.
Из-за взрыва было удалено подавляющее количество спрайтов обеих систем, но сам профессор Матрикс выжил, хотя обнулился. (Сложно сказать: выжил или нет, поскольку нули лишены данных). Остатки Твин-Сити стали Затерянными Углами, в которых сохранилась энергетическая аномалия. Мост "Золотые Ворота" оказался закручен спиралью, но взрывом или энергией Гексадесимал - неизвестно.
Впервые о Твин-Сити мы слышим в эпизоде "Андреа" (AndrAIa), а наблюдать его можно в начале четвёртого сезона. В том же сезоне, благодаря Гексадесимал, впервые был воскрешён Велман Матрикс в образе нуля. Кроме того, Ворота можно обнаружить в эпизоде "Когда игры сталкиваются" (When Games Collide). Очевидно, Мегабайт каким-то образом узнал о принципе создания Ворот или получил данные во время взрыва от обнулившегося Велмана Матрикса.
У истории Твин-Сити есть реальный пример. На ранних стадиях создания сериала на рабочей станции компании Mainframe сгорел один из двух жёстких дисков, унеся в небытие всю содержавшуюся на нем информацию. Из этого прискорбного случая и родилась идея погибшего Твин-Сити.
Название "Твин-Сити" не является самостоятельным именем, оно переводится как "город-близнец".